Τον αντίπαλο στο Κύπελλο Ελλάδας θα μάθουν ΑΕΛ, Απόλλων Λάρισας και Τρίκαλα στην κλήρωση της Τρίτης (05/01, 13:30) στα γραφεία της ΕΠΟ, στο Πάρκο Γουδή, χωρίς παρουσία κοινού και δημοσιογράφων, λόγω των έκτακτων μέτρων που ισχύουν για τη διασπορά του covid-19. Η ΑΕΛ, μαζί με τις υπόλοιπες 7 ομάδες της Super League 1, μπαίνει στη διοργάνωση του Κυπέλλου από την πρώτη φάση, στην οποία θα συμμετέχουν και οι 12 ομάδες της Super League 2.
Οι αγώνες της 1ης φάσης θα είναι νοκ-άουτ.
1η φάση: Οι 12 ομάδες της Super League 2 (Ξάνθη, Παναχαϊκή, Χανιά, Λεβαδειακός, Καραϊσκάκης, Απόλλων Λάρισας, Εργοτέλης, Δόξα Δράμας, Ιωνικός, Τρίκαλα, Διαγόρας Ρόδου, Ο.Φ. Ιεράπετρας) και οι ομάδες που τερμάτισαν στις θέσεις 7-12 (Αστέρας Τρίπολης, Ατρόμητος, ΑΕΛ, Λαμία, Βόλος, Παναιτωλικός συν ΠΑΣ Γιάννινα, Απόλλων Σμύρνης που προβιβάστηκαν) στη Super League την περίοδο 2019-2020. Οι αγώνες θα είναι μονοί και σύμφωνα με τον αρχικό σχεδιασμό, θα διεξαχθούν στις 12-13-14/1/2021.
2η φάση: Οι 6 ομάδες που τερμάτισαν στις θέσεις 1-6 στη Super League την περίοδο 2019-2020 και οι 10 ομάδες που θα προκριθούν από την 1η φάση. Οι αγώνες θα είναι διπλοί αγώνες με την 1η αγωνιστική να διεξάγεται στις 19-20-21/1/2021 και τη 2η αγωνιστική στις 2-3-4/2/2021.
3η φάση (προημιτελικά): Διπλοί αγώνες με την 1η αγωνιστική να διεξάγεται στις 9-10-11/2 και τη 2η αγωνιστική στις 2-3-4/3/
4η φάση (ημιτελικά): Διπλοί αγώνες με την 1η αγωνιστική να διεξάγεται στις 6-7-8/ και τη 2η αγωνιστικής στις 27- 28-29/4.
Τελικός: Θα διεξαχθεί στις 22 Μαΐου, όπως είχε αρχικά προγραμματιστεί.